Le projet Virome@tlas
Les maladies virales constituent un défi sanitaire mondial et systémique. Les récentes pandémies ont mis en lumière les liens étroits entre la santé humaine, animale et environnementale, dans un contexte marqué par une fragilisation accélérée des écosystèmes et l’interdépendance d’une économie mondialisée.
Une approche globale des virus est indispensable pour mieux comprendre les interactions essentielles au maintien d’une santé unique (One Health). Cette démarche vise à améliorer la prévention et l’adaptation de nos sociétés face aux crises sanitaires, en intégrant une compréhension approfondie de la diversité des virus et de leur capacité à s’adapter à divers hôtes, qu’ils soient humains ou non-humains, au sein d’environnements variés.
Le projet Virome@tlas ambitionne de concevoir une plateforme numérique basée sur le cloud pour la surveillance globale des virus à l’échelle de la planète. Cette plateforme analysera les interactions entre les virus, leurs hôtes et leurs environnements afin de mieux comprendre leur répartition géographique et les mécanismes d’émergences des épidémies.
En intégrant les données massives de séquençage du vivant, disponibles dans les archives publiques, aux données géographiques à large échelle, cet outil original permettra d’identifier les aires géographiques, les animaux et les virus prioritaires à surveiller, renforçant ainsi la préparation mondiale face aux prochaines pandémies.
Un consortium interdisciplinaire
Virome@tlas s’appuie sur un consortium interdisciplinaire réunissant, au sein et au-delà de la communauté SHAPE-Med@Lyon, des scientifiques spécialisés dans les domaines de la santé humaine, animale et environnementale. Le projet ambitionne de combiner les expertises en bioinformatique, virologie et en géomatique pour favoriser une compréhension approfondie des interactions entre ces domaines.
Les porteurs.euses
Vincent NAVRATIL
Vincent Navratil est Ingénieur de Recherche UCBL1 et responsable scientifique de la plateforme de bioinformatique PRABI-AMSB. Il s’intéresse depuis près de 20 ans à la modélisation et à l’analyse des systèmes virus/hôtes par des approches informatiques basées sur l’intégration de données -omiques. Il participe régulièrement à des collaborations scientifiques interdisciplinaires et à l’accompagnement de projets bioinformatiques impliquant l’analyse de données massives de séquençage sur des thématiques liées à la virologie, l’écologie et la santé.
Laurence JOSSET
Laurence Josset est virologue aux Hospices Civils de Lyon et au Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI). Elle est co-responsable de la plateforme de séquençage haut-débit à visée diagnostique et épidémiologique des maladies infectieuses (GenEPII). Sa recherche se focalise sur l’analyse du virome respiratoire et de ses interactions avec le microbiome, en lien avec la santé et les pathologies.
Jocelyn TURPIN
Jocelyn Turpin est chargé de recherche INRAE dans l’UMR754 Infections Virales et Pathologie Comparée. Il s’intéresse depuis de nombreuses années aux cancers viro-induits chez l’homme et l’animal. Ses projets de recherches sont transversaux allant de la surveillance des virus dans l’environnement, à leur co-évolution avec leurs hôtes.
Oldrich NAVRATIL
Oldrich Navratil est enseignant-chercheur à l’Université Lumière Lyon 2 et membre de l’UMR 5600 CNRS-EVS (Environnement, Ville et Société). Ses recherches portent sur les hydrosystèmes fluviaux, avec un intérêt particulier pour l’étude des interactions entre les processus hydro-sédimentaires, les biocénoses et les dynamiques sociales. Les enjeux sociétaux associés à cette thématique, ainsi que l’approche interdisciplinaire de Virome@tlas, qui combine concepts et outils issus de la bioinformatique, de la virologie et de la géographie, constituent une source majeure de motivation pour sa contribution à ce projet.
Ils nous ont rejoint :
Elea PAULIAT
Elea Pauliat est diplômée de l’INSA Lyon en bioinformatique. Elle a rejoint le projet Virome@tlas en tant qu’ingénieure de recherche en bioinformatique afin de consolider et développer le traitement, la visualisation et l’analyse des données biologiques.
Paul TiSSOT
Paul Tissot a rejoint le projet Virome@tlas en tant qu’ingénieur de recherche en géomatique après un Master 2 à l’ENSG centré sur l’analyse spatiale et la télédétection. Il participe au cours de ce projet à l’intégration des données de données géographiques afin de permettre l’analyse et la caractérisation du virome à différentes échelles et d’étudier son rapport à l’environnement.
Les partenaires
Pôle Auvergne-Rhône-Alpes de Bioinformatique Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques (PRABI-AMSB) | Dominique GUYOT Christine OGER |
Infections Virales et Pathologie Comparée (IVPC) – UMR 754 | Caroline LEROUX |
Environnement Ville société (EVS) LBBE – UMR 5600 | Romain DELUNEL Jérome LEJOT François MIALHE |
Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) – UMR5558 | Damien DE VIENNE |
Enseignement – Master Bioinfo@Lyon – Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) – UMR5558 | Vincent LACROIX |
Infrastructure mutualisée LBBE/PRABI-AMSB | Stéphane DELMOTTE |
Institut Français de Bioinformatique (IFB) | Christophe BLANCHET |